1 水资源研究
水资源、水环境领域的基础理论、先进技术、科学管理研究，在水资源评价，水资源规划与管理，水资源可持续利用战略，水资源合理配置，水资源与水环境承载能力，以及水资源调度运行系统理论、方法与软件开发等方面为国家宏观决策提供科学依据。
2 水文基础理论研究
暴雨与洪水规律，径流形成机制与模拟，水文循环机理与气候变化，人类活动及城市化进程对年径流、洪水的影响，水旱灾害，水文站网规划，水流水质数值模拟，土壤水实验等方面的研究。
3 防洪减灾工程研究
防洪风险分析与设防标准、洪水演进及洪水调度试验研究、堤坝工程渗流控制与分析、土工合成材料在防洪减灾中的应用研究、堤防溃口水力学及堵口抢险技术研究和防洪枢纽水力学研究（包括闸坝水力学、高速水流、泄洪雾化、水弹性振动模型试验研究等）。
4 环境与生态水力学研究
水环境评价和规划、全球变化对水环境影响变化研究、水环境与生物多样性保护及利用研究、大型水利工程建设对生态环境影响评价和水环境治理技术研究（包括水电站导漂技术、污水处理技术研究、电厂冷却水试验等）、水环境生态修复技术研究
5 过坝建筑物水力学
枢纽通航水力学、船闸输水系统水力学、船闸闸阀门水力学、引航道（含中间渠道）水力学、升船机水力学、渔业工程水力学及其他相关航运水力学问题。
6 水流泥沙运动机理研究
挟沙水流紊动结构及输沙规律；天然河流泥沙起动、扬动及床面交换规律；固结原状土的起动与冲刷规律；非均匀、非恒定输沙规律；粘性泥沙颗粒物化特性；波浪、潮汐水流结构及其作用下的泥沙运动规律；盐水楔异重流特性及其作用下的泥沙运动规律；浮泥形成机理、物理力学特性及其运动规律；不同类型河流河口和海岸演变规律；河工模型相似理论及模拟试验技术；三维水流泥沙数值模拟计算技术；局部冲刷机理及防冲措施的研究。
7 河流、河口泥沙治理中的关键技术研究
流域侵蚀产沙与河流输沙特性及规律的关系；河流河口演变与人类活动的相互影响关系；风暴灾害与河口防潮排涝的工程对策；滩涂过量开发与河口湿地生态的异变；河口闸下淤积治理新技术；河道、湖泊演变及其转化规律的研究；长江中下游平原河道和黄河下游游荡性河道整治的研究；大型工程建设对河口水沙环境的改变； 新型整治建筑物及其施工技术；航运工程建设与水资源综合开发利用的关系；大江大河河口治理的综合开发、利用及治理方针和策略；河道建筑物对行洪的影响。
8 海岸泥沙工程关键技术研究
不同类型海岸防护工程的防冲促淤效果研究；海洋的长期演变和短期演变规律研究；沙质海岸和淤泥质海岸的沿岸输沙规律研究；围海造陆工程中的泥沙问题；波浪作用下非粘性细粉沙的运动特性研究；波浪和潮流的共同作用下非粘性细粉沙运动特性研究；破波掀沙研究；海岸泥沙模型相似比尺及其验证方法研究；海滨浴场的海岸形态及其泥沙问题；浅水海域油气管道的埋设问题；滨海岛屿沙洲的开发利用问题；海岸电站建设中的取排水问题和泥沙问题。
9 水利枢纽泥沙工程研究
水利枢纽总体布置及坝区河势规划；水利枢纽泥沙淤积与水库长期使用；变动回水区泥沙淤积对防洪影响及对策；枢纽下泄沙量改变后，坝下河道及坝下支流河道的演变及对策；施工通航期坝区泥沙淤积研究；特大洪水年对水利枢纽上下游河道的影响。
10 泥沙试验量测技术研究
水流与泥沙运动试验值特征量测技术（流速流向仪、测波仪、含沙量测量仪）；河道非恒定流、潮汐水流、近海波浪水流泥沙试验自动控制系统及试验数据采集处理系统；原体河道、河口、海岸水流泥沙自动量测技术；泥沙模型试验地形量测技术；泥沙模型试验后处理集成技术；3S等高新技术在水利工程中的应用。
11 土工离心模型试验技术研究
研究自然现象与复杂工程结构物的工作机理和破坏机理，为建立解释这些复杂现象的理论提供定性依据；模拟原型，研究实际工程问题，比选验证优化设计方案，了解工程运行状况，预测未来的运行安全性与可靠性；参数研究，用离心模型可以提供非常有用的数据资料，解决工程技术难题；验证新理论和新方法，验证理论与计算方法，检验数学模型。
12 土力学基础理论研究
土的基本特性研究，土动力学与工程抗震研究，土体微观结构研究，土工合成材料特性研究，筑坝材料工程特性研究，非饱和土物理力学特性研究，软基加固与基础工程新技术研究，以及岩土工程原位测试技术研究等。
13 水工程与结构安全监（检）测与评价
水工程材料与结构耐久性基础理论；水工程材料与结构病害检测、评估体系和防治对策及其新技术；水工建筑物（堤防、大坝）安全监测、评估和分析等。
14 水工新材料开发与施工工艺研究
研究开发经济适用、安全耐久、具有自主知识产权的新型水工材料及其配套的施工工艺，主要包括水泥基复合与改性新材料、水工高性能超耐久水工新材料、水生态环境友好新材料、水工建筑物保护新材料和修补材料、岩基处理新材料、回填及地基加固材料和工业废渣与水环境废渣再生及综合利用(粉煤灰、矿渣等)、水工材料破坏成因分析等。 | 
