辛亥革命后国民党作为执政党，在中国历史上开创了政党制度的先河，政党在国家政治生活中发挥着重要作用。民国初年全国的水利行政分散，从张謇出任全国水利局总裁开始统一全国水政，但并未实现事权专一，1927年南京国民政府成立，水利更分属不同部、会多头管理。1931年大水，全国舆论呼吁水政统一管理。1932年7月国民党高层人士向“中央政治会议”提议统一水利行政，改变“以中央机关而言，内政部有主管水利之名，而农田水利属实业部、航路疏浚属交通部、治理黄埔属外交部，导淮、治黄及广东治河又均设有专会，直属国府。以各省而言，同一黄河也，冀鲁豫各设河务局；同一运河也，冀鲁苏各设工程局；同一永定河也，主管机关有华北水利委员会、河北永定河河务局、整理海河委员会，其下游复有海河工程局；同一扬子江下游也，吴淞汉口段由扬子江水道整理委员会规划，通州至海口则由海道测量局施测，最近神滩之疏浚，更由上海浚浦局主持。系统既形庞杂，职权自难专一，水利经费多靡于机关开支，水利设施更无从通盘规划……”的状况。1933年10月“中央政治会议”决定由行政院拟订具体办法。行政院因其事关经济建设，转送全国经济委员会办理。1934年1月，第四届“中央执行委员会”第四次全体会议召开，有委员以有利于集中事权、集中人才、集中经费为由再次提出统一全国水政，获得大会原则通过，并决定相关事宜由“中央政治会议” 议决。由此，这项事关水利管理大局和全国性水利科研机构创设的议案加速了落实。1934年2月，“中央政治会议”第394次会议，综合统一水政各案，做出了由全国经济委员会拟订统一全国水政办法的决议。1934年7月2日“中央政治会议”召开第413次会议修改通过了全国经济委员会拟订的《统一水利行政及事业办法纲要》。在此基础上行政院与全国经济委员会（常简称为全经会，该会筹备时隶属于行政院，1933年正式成立后，改为国民政府直辖，与行政院并列）会商，正式决定全国经济委员会为管理全国水利事业的总机关。1934年7月14日“中央政治会议”第415次会议修正通过了全国经济委员会根据上述办法纲要拟订的《统一水利行政事业进行办法》，后由国民政府主席、行政院长、立法院长共同签署发布。1934年8—9月，全国经济委员会常务委员会连续开会，推定孔祥熙主办统一水利事宜、通过了下属水利委员会暂行组织条例，确定中央水工试验所等其它下属机构的设置、名称、执掌等。1934年11-12月间全国经济委员会按照上述办法办理了下属机构如导淮委员会、黄河水利委员会、华北水利委员会等机构的交接手续，规定1935年1月正式实施。原名中央水工试验所的南京水利科学研究院就是在这一过程中成立，并作为重要组织措施在“进行办法”框架下，与其它机构同步运行。