2001年为水利部筹办了GIS国际学术会议和中国大坝安全管理培训班，以及第一届亚太地区海岸工程研讨会，进一步扩大了南科院的影响。

2003年，时任院长张瑞凯教授作为团长率中国专家代表团赴日本参加了第三届国际水论坛会议；院承办了国际大坝安全管理研讨会，参与主办了海洋工程学术研讨会暨海峡两岸海洋工程发展研讨会。

2005年，由南科院承办的学术会议主要有“全国防汛决策支持系统开发技术研讨会”、“中国水力发电工程学会高坝通航专业委员会学术研讨会”、“江苏省水利学会水工结构专业委员会学术会议”、“第12届中国海岸工程学术研讨会”、“大坝安全与堤坝隐患探测国际学术会议”等；还选派科研人员参加了第十二届水资源大会，加拿大水生态系统保护与修复培训、干旱和低流量国际培训，中意合作水资源综合管理、水资源的保护、节约与配置等有关学术活动。促进了开放办院和科技队伍学术水平提高。

2006年，先后组团参加了在墨西哥举办的第四届世界水论坛、在西班牙举办第22届世界大坝会议，以及韩国水资源协会年会、中荷水资源管理创新研讨会等，全年共选派71人次的中青年骨干出国参加国际会议、培训、考察。

2007年，派专家参加了世界气象组织（WMO）第十五次世界气象大会、联合国秘书长水与卫生顾问委员会水与灾害高层专家工作组第一次会议、联合国教科文组织国际水文计划东南亚及太平洋地区指导委员会第十五次会议、国际大坝委员会75届年会“大坝安全与管理”研讨会、第十次河流泥沙国际学术讨论会、日本水文水资源协会年会、联合国教科文组织水教育学院教育方法培训班、西班牙第五届土木工程会议、第十七届斯德哥尔摩世界水周等会议和活动。积极组织有关人员参加水利部赴以色列、土耳其参观第四届国际水技术与环境控制展；赴加拿大、墨西哥考察有关地下水开发利用情况和存在问题；参加出访瑞典、芬兰考察水资源综合管理和地下水保护的政策、制度及法规建设情况。全年共选派80余人次的科技骨干出国参加国际会议、培训、考察。争取到第32届国际海岸工程大会首次在中国大陆的举办权，现正在积极筹备之中，该大会将于2010年在上海召开。