2001年，全年接待外宾30批81人次。水利部批准南科院出国组团18批次。与日本东京工业大学、美国依阿华大学等单位商讨了建立多领域的合作关系。职工年度外出参加各类培训80人次，派出34人次出国参加国际学术讨论会和培训、合作研究等，拓宽了科技人员的视野。11月，南科院和中国水利学会等4家单位共同举办了“全国泥沙学术讨论会”。

2002年，全年接待32批87人次来院交流、讲学，完成派出项目39批次。与联合国水科学教育学院、美国依阿华大学等多家单位建立多了多渠道、宽领域的合作关系。亚太地区小电研究培训中心今年先后完成了两期国际培训班的培训工作，来自亚洲和非洲20多个国家的30多名学员参加了培训。亚太地区小电研究培训中心的工作受到国际有关组织的肯定，联合国秘书长安南访问浙江大学演说中高度评价了联合国在杭州创建的区域小水电中心对发展中国家的贡献。在院内举办了“WTO基础知识培训”、“如何申报国家自然科学基金”等14期面向院内及行业的培训班。

2003年，主办了联合国教科文组织水教育学院亚洲地区学员进修研讨班；主办了1期小水电国际培训班。先后接待外宾43批215人次来院学术交流、讲学。与荷兰德尔夫特科技大学、美国密西西比大学等单位开展了多种形式的合作、交流活动。

 2004年，承办了全球水教育与研究伙伴组织资助发起的“创造性学习班”、“大坝安全管理培训班”、“国际小水电技术培训班”等5个培训班和研究会；先后接待外宾49批270人次来院学术交流、讲学。与保加利亚船舶水动力中心、台湾中原大学等开展了多种形式的合作、交流活动。

2005年6月1—30日，承办了以“手拉手，为了水科学的明天”为主题口号的“2005年国际水科学夏令营”，来自美国、德国等13个国家的20多位研究生暑期与南科院在读研究生共同学习和从事研究工作。此次夏令营为院青年学者创造了一个多视角的国际学术、文化交流平台，扩大了中国水利在世界上的影响。水利部当时分管外事工作的翟浩辉副部长对这次活动给予充分肯定：“这次活动组织得很好，拓宽了水利科技国际交流活动的空间，展示了我国水利科技发展的成就，进一步扩大了在水资源领域的国际交流和合作，应予表扬。” 全年接待外宾52批共324人次。作为全球水教育与研究伙伴唯一的中国水利科研机构，多次利用国际多端电视会议进行中荷研究生班教学活动。经南科院、河海大学、联合国教科文组织水教育学院专家共同努力，完成流域水资源管理网上远程教育教材，成功举办二期网上流域水资源综合管理研究生课程班。通过与联合国教科文组织水教育学院近3年的合作，已获得各类资助费用11万欧元。

2006年，南科院从不同的层次加强对外交流，寻求更加广阔的合作空间和发展空间。院领导先后多次带队到水利部、交通部、科技部汇报工作，以争取上级的关心和支持。同时加强与国内同行的合作发展，多次组织代表团分别赴长江水利委员会、黄河水利委员会、淮河水利委员会、太湖流域管理局、中国水科院、长科院、黄科院，以及江苏、江西、安徽等水利厅进行访问和交流，并与太湖流域管理局签署了全面合作框架协议，优势互补，促进共同发展。院举办了第二届国际水科学夏令营，参加本次夏令营的国外营员分别来自美国、西班牙、印度、墨西哥、韩国等15个国家的在校博士和硕士研究生共20余人，进一步扩大了院和中国水利在世界上的影响。2006年，接待外宾49批253人次，其中讲学活动11批次。继续加强与全球水教育与研究伙伴和联合国教科文组织水教育学院（IHE）的合作，利用网络视频系统成功举办了网上流域水资源综合管理研究生课程班。

2007年，院进一步扩大内外合作交流，促进了 “开放、流动、竞争、协作”管理运行机制的建立。由院主要领导带队，访问了唐山市（京唐港、曹妃甸开发区）、中交一航院、天津市水利局、海河水利委员会、天津港、天津泰达投资公司、中国长江三峡工程开发总公司、中国水电顾问集团成都勘测设计研究院、二滩水电开发有限责任公司、国电大渡河流域水电开发有限公司、三峡大学等水利、交通、水电行业的兄弟单位，加强了联系、增进了友谊，为进一步加强合作奠定了基础。与中国水利水电科学研究院签署了全面合作框架协议，召开了两院领导联席会第一次会议；与海河水利委员会建立了联络员工作制度，形成了长期稳定的合作关系，实现优势互补，拓宽了院的发展空间。2007年，共接待外宾50批483人次，其中讲学活动9次。继续加强与全球水教育与研究伙伴（PoWER）和联合国教科文组织水教育学院（IHE）的合作，利用网络视频会议系统多次用于国际多端视频会议、流域综合管理能力建设需求培训班、中荷研究生班教学活动