2001年南水公司努力扭转近年来的滑坡趋势，克服种种困难，奋力开拓市场，与有关单位合作，承接了新疆哈密水厂工程、南昌乐珠6标段射水造墙防渗工程等项目，市场形势逐渐好转。

2002年，南水土建工程公司调整充实领导班子，改革内部管理，全年实现产值呈稳步上升趋势。

2003年，南水公司通过内部机构调整，推出项目责任制，改革工程成本核算方式，增强了职工的竞争意识和企业发展动力，新签合同近20项。

2004年，南水公司加强内部管理，完善配套了岗位责任制和项目管理办法，大胆启用年轻的技术骨干，增强企业活力和职工的竞争意识，新签合同比2003年增长24%。

2005年，南水公司相继开发了排水固结新型排水材料—软式透水管代砂垫层技术和混凝土蕊砂桩复合技术，并在连盐高速公路响水二标真空预压工程、波导科技集团汽车项目总装和焊接车间真空预压工程等项目中成功应用。

2006年，南水公司由于资质低等各种原因，全年产值受影响，但自公司领导班子调整后，面对严峻的市场形势和公司资质低的状况，围绕“产权清晰，权责分明，管理科学，决策、执行和监督体系健全”的现代企业管理要求，深入调查研究，积极推进公司改革和管理。

2007年，南水公司改变管理思路，调整市场定位，整合资源，积极开拓市场， 新签合同中的4个，金额就达2035万元。