2002年8月，南京科工贸公司实施改组，按照院科技体制改革总体部署，在坚持“对内做好服务，对外争创效益”的同时，平稳地将公司成建制并入综合服务中心（对内称综合服务中心，对外称南京运达科工贸公司）。该年中心创产值比2001年增长56%。完成院土建维修工程42项、研究所委托项目3项、芜湖奇瑞公司项目1项。

2003年，院综合服务中心围绕院的改革与发展，转变观念，积极进取， 产值继续增长。为科研和科技产业提供了水、电、物资、餐饮等后勤保障。完成院维修工程48项、基建工程7项、研究所及公司项目5项、监理项目6项 。

2004年，中心围绕院工作重点，开展“奉献在中心”活动，为科研和科技产业提供了水电、仪器制造、物资、餐饮等后勤保障。

2005年，中心围绕院的工作重点，开展“服务第一、争作奉献”的活动，在做好全院水、电、仪器制造、物资、餐饮等后勤服务保障，高水准完成了各项物业管理工作任务，创造了良好的经济效益。

2006年，全年完成院内中小型土建和装修项目57项，基建工程项目5项，工程监理项目1项，完成水电改造工程35项，其中试验厅和办公楼外墙出新面积为5000平方米，屋面翻修达7000平方米。在院工程技术研究中心的揭牌仪式、承办水利部精神文明会议和多次接待部、省领导来院检查指导工作等重大活动的接待工作中，服务中心和院各职能部门密切配合，认真负责，努力工作，每次都出色地完成会务和接待工作，给部、省领导和客人留下了很好的印象。

2007年，中心全年完成财政修购专项12项,院立专项12项，基建工程项目9项，研究所项目2项，完成水电改造工程20项。在物价上涨的情况下，膳食部加强调研、规范采购渠道和采购程序，严格成本核算，降低餐价、改善口味、提高质量，大大提升了科研人员对午餐供应的满意度。仪器工厂调整了管理人员，针对科研工作需要开发研制了5个仪器新品种。