江苏南水土建工程公司是院属集科研、施工、监测、评估于一体的科技先导型（施工）企业。持有地基与基础工程二级、防腐保温工程二级专业资质和技术贸易资格证书，注册资金1167万元。

公司于 1988年6月经江苏省建委、工商行政管理局、省科委批准，由南京水利科学研究院选调工程技术人员、管理人员、技术工人为骨干，并调拨资产、设备组建。初建时定名为“江苏南水土建工程联合公司”。联合公司以南京水科院为主体单位，另有几家施工企业参加联合，经省建委核定资质为一级施工企业。1991 年各参加联合单位退出后，经省科委同意并经省建委、省工商行政管理局核准改为现名，1993 年经省建委核准为二级施工企业资质，主营地基与基础工程，兼营防腐蚀工程。2001年经建设部核准为地基与基础工程专业承包二级资质，增项资质为防腐保温工程专业承包二级。公司拥有一批高素质的专业技术人员，具有深厚的专业理论基础和丰富的施工经验，在房屋建筑工程、公路工程、水利水电工程、防腐蚀工程及其它工程领域拥有多种特殊专长和先进技术。

曾先后完成了黄埔新港化肥仓库防腐工程、厦门嵩屿电厂软基加固、宁连一级公路淮阴段（1.76公里，含中型桥梁4座，小型桥梁4座，通道及涵洞13座）公路工程、同三高速公路宁波段路基、结构工程、南昌县蒋巷联圩棍子塘险段防渗袖阀灌浆试验工程（针对棍子塘险段堤基从粉细砂到砂砾的特殊情况，对袖阀灌浆的工艺进行了改进，提高了工作效率，使这种方法适应的范围更广，并取得国家专利）、芜湖奇瑞汽车厂大型厂房除险加固工程、盐连高速公路响水二标真空预压软基处理工程、江阴长江公路大桥C3标粉喷桩工程、波导集团总装焊装车间真空预压地基处理工程、镇溧高速公路混凝土芯砂石桩试验工程等多项施工、试验项目。多次获得国家、部、省、市奖，出版著作八部，公开发表研究论文两百余篇。拥有地基加固专利权三项。公司于2000年获得英国劳氏公司ISO9001质量体系认证。

依托南京水利科学研究院，公司在施工中努力采用新材料、新技术、新工艺，并致力于科技成果的应用和推广，以及试验先导性工程的实施。