1957年2月27日，根据国务院科学规划委员会关于全国水利科学研究机构的合作问题指示精神，南京水利科学研究所划归水利部和交通部共同领导。

1957年4月1日起，改名为“水利部交通部南京水利科学研究所”。原属交通部水运科学研究院筹备处港工及航道研究室整建制将干部58人并入南科所，除原有水工、河港、土工三个研究室外，决定成立材料结构研究室。

1957年5月，经水利部批准，成立了“钱塘江河口研究站，由南京水利科学研究所和浙江省水利厅共同领导”。

1958年2月28日，国务院农七齐字23号文，同意成立“钱塘江河口研究委员会”，明确研究工作交由南京水利科学研究所负责。委员会主任为严恺。

1958由交通部组织“天津新港回淤研究领导小组”，由南科所严恺任组长，负责该港回淤研究的技术领导工作。

1958年成立技术室。

1958年水利部与电力工业部合并为水利电力部，南科所改由水利电力部和交通部共同领导。

1962年3月30日，水电部（62）水电技字第45号文决定，钱塘江河口研究站自1962年起由浙江水电厅单独领导，南京水利科学研究所在技术上进行指导和协助。

1962年成立学术秘书室。

1966年4月10日 由南科所负责筹建的水电部、交通部西南水利水运科学研究所在宜宾成立，抽调孙敏、须清华、王谷谦等为筹备组成员的职工60人前往工作。王谷谦、须清华担任该所技术部门的负责人。

之前，1964年冬严恺率领王谷谦、邵文健，于永林书记率领王谷谦、须清华，前往内地为该所选址，1965年2-5月王谷谦、须清华参与了交通部水运规划设计院牵头组织的金沙江近千公里的航道踏勘。1965年7月筹备组成立。之后，1974年5月以原南科所抽调人员为主要技术骨干与天津港务局新港回淤研究站合并建立了交通部天津水运工程科学研究所，即现在的交通部天津水运工程科学研究院。留在西南的水利电力部，交通部西南水利水运工程科学研究所，即现在的重庆交通大学内的西南水运工程科学研究所，现有职工约60人、试验场30000 平米、试验厅12000平米，据称是西南地区规模最大的水利水运科研机构。

援建西南所以内河航道组和船闸组抽调人员最多，以卢汉才、郑楚佩最年长。1955年内河航道组有科技人员有12人，1956年援建北科院后，仅留4人；经过几年发展，到1965年又增加到16人；1966年又抽掉了卢汉才、刘建民、王谷谦、唐存本、张定邦等10人，留南科所6人；“文革”中因工作需要又增加到13人。可以说是这一时期南科所骨干调动、干部培养情况的缩影。

1966年，即文化大革命前，组织机构包括：党总支领导下的所长负责制。党总支下设有政治处（包括人保科等）。所长下设所长办公室（包括秘书科、财务科、行管科），并直接领导水工、河港、土工、材料结构四个研究室以及学术秘书室、技术室、供应科、基建科和仪器工厂等行政技术管理部门和业务辅助部门。此外，还设有所务委员会和学术委员会。

1966—1976年，原有组织机构特别是行政管理部门被打乱。1968年成立了南京水利科学研究所革命委员会，下设政工组、生产组和后勤组。

1979年2月，水利电力部又分为水利部和电力工业部两个部，南科所仍由水利部和交通部共同领导。

1979年6月，水利部发布《关于明确南京水科院改为地师级单位的通知》（（79）水劳字第17号）明确我院为地师级单位。

1982年2月，水利部与电力工业部再行合并为水利电力部，南科所又恢复了水利电力部和交通部共同领导。

1979—1983年实行党组织领导下的所长负责制。党委会下设政治处（包括人事科、组织宣教科、保卫科），并设若干个党支部。所长下设办公室（包括秘书科、财务科、总务科、房产管理科），并直接领导水工、河港、土工、材料结构四个研究室以及业务处、技术情报室、器材科、基建科和工厂等行政技术管理部门和业务辅助部门。

1980年恢复了所、室两级学术委员会的活动。此外，为适应科研工作需要，根据上级指示精神，成立了所的学位评定委员会和技术职称评定委员会等。