10月5日23时，黄河中游干流潼关站流量涨至5090立方米每秒，发生2021年第3号洪水。黄河中游干流潼关段和下游干流孙口至利津段，中游支流渭河、沁河上游，长江流域岷江上游、嘉陵江、涪江、汉江上游，海河南系共产主义渠、卫河等多条河流发生超警及以上洪水。

10月6日，国家防总副总指挥、水利部部长李国英主持防汛会商，视频连线水利部长江、黄河、海河水利委员会及小浪底、丹江口、岳城水库管理单位和黄河下游干流孙口、艾山水文站，进一步分析研判秋汛洪水形势，深入部署防御工作。李国英强调，要坚决贯彻习近平总书记关于防汛救灾工作的重要指示精神，认真落实李克强总理重要批示要求，高度重视、高度警惕，毫不松懈、毫不轻视，强化岗位、强化责任，精准调度、精准防御，确保实现“人员不伤亡、水库不垮坝、重要堤防不决口、重要基础设施不受冲击”防御目标。水利部副部长刘伟平，长江水利委员会主任马建华、黄河水利委员会主任汪安南参加会商。

李国英指出，当前黄河3号洪水已经形成，黄河中下游、汉江上游干支流、海河南系部分河流发生超警甚至超保洪水，小浪底、丹江口、岳城水库将有大流量洪水入库，由于前期水库拦洪运用水位较高，这些水库将出现建库以来最高运用水位；黄河下游河道大流量行洪时间长且仍将持续，堤防、河势控导工程将长时间经受考验，防御形势更加严峻。

李国英要求，要加密、滚动、精准预测预报，精细调度黄河中游、汉江和海河流域漳卫河的骨干水库拦洪削峰错峰，为下游河道安全泄洪创造条件。要精准控制小浪底、丹江口和岳城水库蓄水位，密切监测高水位下的工程运行和库区安全情况，确保各项安全监测和保障措施提前落实到位。要畅通黄河、汉江、漳卫河等江河的泄洪通道，及时清除阻水障碍，进一步加强堤防、险工和河势控导工程的巡查防守，前置抢险人员、料物和设备，做好受洪水威胁区域人员的转移预案。要做好病险水库、淤地坝安全度汛和山洪灾害防御，相关责任人立即上岗到位，履职尽责，强降雨区病险水库一律空库运行，提前发布预警信息到户到人，责任落实到岗到人，做细做实做好组织受洪水威胁区域群众转移避险工作，确保人民群众生命安全。

水利部维持水旱灾害防御Ⅲ级应急响应，派出9个工作组到陕西、山西、河南、山东、重庆、四川防汛一线，协助指导做好秋汛洪水防御工作。