一、图书档案资料
南京水科院藏有中、外文图书、资料和期刊23万卷册。丰富的档案图书资料为院的科技创新能力的提高、院的改革与发展提供了重要保障。院综合档案室，集中统一管理着全院的各种档案（除人事档案外）。现有档案库房使用面积700多平方米，藏有从民国时期至今的各种门类档案1 012万余卷（件），其中科技档案1 064 812 162卷，图纸7 395 272 670张（含复印图），文书档案582 314 988卷（件），会计档案1 345 614 591盒（册），电子档案530盘，其它档案433 412 364卷（件）。可谓门类齐全，内容丰富。“十五”期间新增加档案21 108卷（件），其中科技档案3278卷，图纸10 046张，文书档案1 681卷，会计档案5 391盒（册），其它档案712卷（件）。
二、刊物
南京水科院定期公开出版《水利水运工程学报》、《海洋工程》（中文版）、《中国海洋工程》（英文版，国外发行）、《岩土工程学报》、《水科学进展》、《小水电》、《SHP News》等7种期刊。为科研人员开展学术交流提供了良好的平台。
（一）《水利水运工程学报》
《水利水运工程学报》(原名：水利水运科学研究)系水利部主管，南京水利科学研究院主办的学术季刊。主要报导：水利水电、水运、海洋工程和土木建筑工程的规划、可靠性研究、科研、设计、施工、监理以及管理工作中的新理论、新技术、新方法和新成果等。
该刊自1992、1996和2000年连续3次被选列为全国中文核心期刊（水利类）；还被中国期刊网和中国学术期刊（光盘版）全文收录；并被认定为中国科学引文数据库和中国学术期刊综合评价数据库来源期刊。根据中国科学技术信息研究所出版的《中国科技期刊引证报告》（2001年版）报道，全国有1400余种国内出版的中、英文科技期刊被选列为中国科技论文统计源期刊。其中，水利类的学术、技术期刊有13种。按影响因子（表征影响大小和学术水平的综合评价指标）排序，该刊列为水利类第5位。此外，该刊连续多年被国家科技部“中国科技论文统计源期刊”（中国科技核心期刊）、“中国学术期刊综合评价数据库”、“中国核心期刊（遴选）数据库”等全文收录，并被国外多家重要检索系统如美国《剑桥科学文摘（自然科学）》（CSA Natural Science）、《乌利希期刊指南》（Ulrich PD, Ulrich’s Periodicals Directory）、《日本科学技术振兴机构中国文献数据库》（JST）、俄罗斯《文摘杂志》(РЖ)全文收录和OA美国《海洋文摘》收录。
为了促进国际科技和学术交流，该刊每期出版后，直接向美国、英国、俄罗斯、法国、德国、加拿大、荷兰、丹麦、挪威、匈牙利、瑞士、葡萄牙、比利时、巴西、澳大利亚、日本、韩国和越南等18个国家和我国香港、台湾地区的44个有关学校和科研单位寄送交流。
该刊自1979年创刊以来，已正式出版91期。并荣获全国水利系统及江苏省优秀科技期刊，江苏省一级期刊，以及《CAJ-CD规范》执行优秀奖。
（二）《海洋工程》
《海洋工程》创刊于1983年，是由中国科学技术协会主管，中国海洋学会主办，南京水利科学研究院和上海交通大学承办的学术性季刊（刊号ISSN1005-9865），面向国内外发行。《海洋工程》以促进学科理论发展、加速科研成果向生产力转化为宗旨，主要刊载近岸工程、海岸工程、海洋能源利用工程、水下工程、潜水技术、救捞技术等领域具有理论水平及实践经验的学术论文、研究简报、综合评论、调查报告、成果介绍及学术动态报道。《海洋工程》已被联合国《水科学和渔业文摘》（ASFA）收录，并作为核心期刊收录于"“中国海洋文献数据库"”及正式出版的检索刊物《海洋文摘》中。同时《中国期刊网》、《中国学术期刊（光盘版）》全文收录，被认定为《中国科学引文数据库》来源期刊，并被作为《中国学术期刊综合评价数据库》来源期刊全文收录，2000年荣获首届《CAJ-CD规范》执行优秀奖。
（三）《China Ocean Engineering》
《China Ocean Engineering》（《中国海洋工程》英文版）是中国科学技术协会主管，中国海洋工程学会主办，由南京水利科学研究院编辑的英文版综合性学术季刊（刊号ISSN0890-5487），于1987年创刊，每期140页。1987-1993年由英国培格曼(Pergamon)公司在国外包销，在国内向有关单位及图书馆赠送样刊。1994年起改由中国海洋出版社自办国外发行，1995年本刊向国家科委申请获国内统一刊号 CN32-1441/P，开始在国内限量发行。
《China Ocean Engineering》办刊宗旨是向国外介绍我国与海洋工程有关的研究、设计、试验、生产、使用、管理等方面的成果以及学术动态，扩大对外宣传和交流，展示我国的研究水平。主要刊载离岸工程、海洋工程、海洋能源利用工程、海洋环境保护工程、水下工程、潜水技术、救捞技术等方面的稿件。稿件内容包括工程建筑物(海洋平台、防波堤、码头、堤防、锚泊系统等)，物理和数学模型试验技术，结构材料，结构应力分析，海洋工程土力学，海岸泥沙及波浪动力学等。稿件形式：学术论文、研究简报、综合评论、调查报告、成果介绍以及学术动态报道。
《China Ocean Engineering》目前已被如下国际权威检索数据库（1-8）和国内检索数据库（9-14）收录：
1、ISI — JCR （美国科技信息研究所 —《期刊引证报告》）；
2、SCI— E （美国《科学引文索引》数据库）；
3、EI （美国《工程索引》数据库）；
4、AJ （俄罗斯《文摘杂志》）；
5、CBST （日本《科学技术文献速报》）；
6、CSA （美国《剑桥科学文摘》）；
7、AMR （美国《应用力学评论》）；
8、PA （美国《石油文摘》）；
9、CSTPSA （《中国科技论文统计与分析》数据库）；
10、CJCR （《中国科技期刊引证报告》数据库）；
11、CJFD （《中国期刊全文数据库》清华光盘版）；
12、CJCR(English Edition)（《中国英文版科技期刊引证报告》数据库）；
13、《中国核心期刊(遴选)数据库》(万方数据)；
14、《中文科技期刊数据库》（科技部西南科技信息中心）。
《China Ocean Engineering》目前已被列入国家科技部中国科技论文统计源期刊，曾获中国科协、国家基金委1999年度期刊专项基金资助，以及中国科协2002、2003、2004、2005、2006、2007年度专项出版基金和专项设备基金资助。
（四）《岩土工程学报》
《岩土工程学报》是由中国科学技术协会主管，由中国水利学会、中国土木工程学会、中国力学学会、中国建筑学会、中国水力发电工程学会、中国振动工程学会六个全国性学会联合主办的学术性科技期刊。《岩土工程学报》创办于1979年，在江苏南京登记，由南京水利科学研究院承办，国内外公开发行。
《岩土工程学报》2004年以前为双月刊，2005年起改版为月刊,大16开本，120页，每月中旬出版。国际标准刊号ISSN1000-4548，国内统一刊号CN32-1124/TU。国内邮发代号28-62，国外发行代号MO 520。
经过近30年的发展，《岩土工程学报》已是我国岩土工程领域中具有重要影响的学术期刊，是岩土工程理论和实践的重要论坛，是我国从事水利、建筑和交通事业的勘测、设计、施工、研究和教学人员发表学术观点、交流实践经验的重要园地。《岩土工程学报》为我国培养了一大批水利、建筑和交通事业战线上岩土工程学科的带头人，为我国的基础性工程设施建设事业，特别是水利工程建设事业做出了贡献。2002、2003、2004、2005年连续获全国“百种中国杰出学术期刊”称号。
（五）《水科学进展》
《水科学进展》由水利部主管，南京水利科学研究院、中国水利学会主办,以水为论述主题的双月学术期刊,主要反映暴雨、洪水、干旱、水资源、水环境等领域科学技术的最新成果、重要进展、当代水平和发展趋势,报道关于水圈研究的新事实、新概念、新理论和新方法,交流新的科研成果、技术经验和科技动态，是全方位和深度了解中国水科学进展的重要窗口。本刊为全国中文核心期刊,被美国《Ei》和《CA》收录,2003、2004、2005年连续获全国“百种中国杰出学术期刊”称号。2004年获江苏省优秀期刊奖，并入选江苏省期刊方阵。
（六）《小水电》
该刊物是水利部主管、中国水利学会水力发电专业委员会、中国水力发电学会小水电专业委员会、中国电机工程学会小水电专业委员会、水利部农村电气化研究所（亚太地区小水电研究培训中心）主办的全国唯一小水电专业技术性期刊。1984年3月创刊，国内外正式公开发行。
《小水电》力求通俗易懂，面向全国广大中小水电工作者，是农网改造、小水电代燃料生态保护工程、水电站运行和技术改造的参考书。
主要发行对象为：国家有关部委及各省市中小水电行业有关领导机关、主管部门、科研设计、大专院校、监理及施工单位、电站及输配电设备生产商、电力自动化设备集成及软件开发商、水库、电站科技管理人员及技术工人。全国各省市公共图书馆和情报信息机构。并在科技扶贫中，赠刊全国100个有水缺电县（含水利部对口支援的西藏自治区的10个有水无电县）。
常设栏目主要有：方针政策、发展战略、农村水电及电气化、国际交流、技术交流、经营管理、规划设计、工程施工、机电设备、计算机应用、技术改造、运行与维护、简讯与动态、水利文艺（摄影、书画）。
自2003年起，《小水电》已陆续被众多国内检索机构收录，是中国核心期刊（遴选）数据库和中国学术期刊（光盘版）收录期刊、中国期刊全文数据库全文收录期刊、中国学术期刊综合评价数据库统计源期刊，入编中文科技期刊数据库、超星数字图书馆；在“万方数据—数字化期刊群”全文上网。
（七）《小水电通讯》
由亚太地区小水电研究培训中心（HRC）主办的英文季刊《小水电通讯》（SHP News），创刊于1984年5月，期刊最初由联合国工业发展组织（UNIDO）会同联合国开发计划署、亚太经社会的区域能源发展项目（UNDP/UN-ESCAP-REDP）给予支持并资助（上世纪90年代以后，出版资金由我国自行负责投入），并获准国际出版物标准刊号ISSN No.0256-3118。该期刊的宗旨是在亚太地区各国以及全球交换小水电信息和经验。期刊内容包括：
（1）发展中国家小水电发展概况；
（2）全球范围内小水电技术发展水平以及新概念和新趋向；
（3）小水电专家和从业人员撰写的小水电开发技术经验；
（4）小水电领域的政策、法规、制度及融资方法；
（5）小水电建设市场情况；
（6）小水电业务信息，包括技术咨询与服务、设备供应等；
（7）小水电领域特别是发展中国家的重大事件与国际活动；
（8）小水电新闻。
1984年以来，已编辑出版87期，发行到90多个国家和地区，累计3万多读者，读者群包括个人与机构，如有关的政府官员、专家（技术人员）、教授（教师）、小水电机构和非政府组织的从业人员等。期刊发行到的机构有：政府部门、大学、研究院所、小水电开发商、咨询公司、水电运行商、水电制造商、融资和立法机构等。在过去的20多年里，在HRC主办的50多期技术培训班学习过的1000多位各国学员，是杂志的主要读者和作者，他们和HRC长期保持联系并提供稿件和信息，是刊物的重要信息源和稿源。
