“长江口深水航道治理工程成套技术”由交通部长江口航道管理局、上海航道勘察设计研究院、南京水利科学研究院和上海航道局等多家单位联合完成。该成果中，我院通过现场资料分析、理论研究、物理模型、数学模型等手段，综合系统地研究了长江口深水航道治理工程总体方案及方案优化、航道泥沙回淤、整治建筑物设计波浪和局部冲刷的关键技术问题，先后提出研究报告四十余篇。研究成果为工程决策、设计和施工提供了重要的科学依据，是顺利实施长江口深水航道治理工程的重要支撑和依托；开创了大型复杂河口系统综合研究的先例；丰富了大型复杂河口航道治理工程的研究经验；发展了河口治理及工程泥沙的理论。整治工程总体方案和平面优化方案研究成果已应用于长江口深水航道治理一、二期工程，泥沙回淤研究成果是各期工程疏浚力量安排的招标依据，整治建筑物设计波浪、局部冲刷及护底尺度研究成果已应用于工程的设计和施工。工程实践证明，研究成果与现场实际情况吻合良好，工程取得了良好的整治效果。作为该成果的重要组成部分之一，我院主持完成的“长江口深水航道治理工程方案优化、泥沙回淤、设计波浪研究”获得2005年度中国航海科技一等奖。“长江口深水航道治理工程成套技术”还荣获2006年度“中国航海学会科学技术奖”特等奖，是该奖项2002年设立以来第一次评出的特等奖。包括钱正英、潘家铮等9位院士在内的专家组一致认为，长江口深水航道治理工程成套技术是我国河口治理和水运事业的伟大创举，是世界上巨型复杂河口航道治理的成功典范。该项科技成果总体上居于国际领先水平。