1956—1984年是更名后的南京水利科学研究所（按照同行习惯，当时简称为南科所，下同）的一个大变动时期。1956年在中国共产党第八次代表大会精神和“向科学进军”号召鼓舞下，南实处开始了有计划、有目标的学科建设和科学研究。 之后，南科所的科研工作在困难中曲折发展。特别是“文革” 的严重挫伤，使南科所的科研工作遭到很大损失，但南科所的广大科技工作者急生产所急，想生产所想，为落实周恩来总理“三年改变港口面貌”的要求，开展了长江口、瓯江口整治，长江中下游港址选择，连云港等沿海港口模型试验等任务；支持葛洲坝、东江、碧口、水口以及我国当时全国最大船坞—广州文冲船坞等水电交通工程建设，开展了其中的关键技术研究；承担了毛里塔尼亚、马耳他等援外工程的试验研究、军工及之后军转民用工程的试验研究，科研工作一直没有中断。直至1978年中国共产党十一届三中全会和全国科学大会召开，迎来了又一个科学春天。 在第三届、四届、五届人大政府报告提出的全面实现“四个现代化”目标鼓舞下，南科所遵照科技发展的内在规律，重视在实验的基础上开展理论研究，逐步形成了自己的专业研究方向，向着水利科技现代化迈出了坚定的步伐。如：经过大量工程的泥沙研究，在理论上提出了河工模型试验理论、河床紊流随机理论，以工程实践为基础提出了土体极限平衡理论、软土地基稳定计算的有效固结应力法、二维有效应力地震反应分析方法以及新的土弹塑性本构模型等，取得了一系列独创性的理论成果；在研究积累过程中，通航水力学研究、河口整治研究、混凝土耐久性与水工新材料研究、软土地基加固研究等已经发展成为南科所重要的和具有特色的专业方向。按照科学实验本身的规律，南科所还一向重视科研手段的改进与创新，并视之为试验成功的桥梁和学科发展的“始渡线”。离心机、光弹离心机的研制与应用，数学模型和有限单元法计算的开发与运用，多功能空蚀空化发生装置、非稳定渗流电阻网模拟等成功研制，同位素、超声检测技术的应用，对提高相关学科的研究水平发挥了重要作用。南科所还注重处理实践创新与工程标准化之间的动态与静态、过程与结论的相互关系，积极参与行业规程规范的研究、制定和修订，成果累累。 1978年全国科学大会召开，扩大了对外科技交流，建立了科研成果奖励制度。在全国科学大会上，南科所有18项成果在会上获得奖励；1979年之后各部、委和省、市、自治区也实行了年度成果奖励制度，至1983年底，南科所共获得国家省和部重大成果奖76项（见附录五）。所内自1979年起，开始实施科研成果奖励制度，至1983年底止，共颁发所级奖励138项。 1957年，在抽调大批骨干援建北科院后，南科所加强领导，健全组织，科研业务迅速拓展。期间，交通部水运科学研究院筹备处港工及航道研究室并入；西南水利水运科学研究所在宜宾成立，又有大批科技干部调出；钱塘江河口研究站成立，许多科技干部前往支援。南科所科技人员一边调出、一边迅速充实提高，到1966年底，职工人数达450人，其中技术人员274人。1979年后南科所实行党组织领导下的所长负责制，总支、党委下开始设立支部，仍然保持了机构精简、干部精干的传统。 1957年2月27日，根据国务院科学规划委员会关于全国水利科学研究机构的合作问题指示精神，南京水利科学研究所划归水利部和交通部共同领导。 1957年4月1日起，改名为“水利部交通部南京水利科学研究所”。原属交通部水运科学研究院筹备处港工及航道研究室整建制将干部58人并入南科所，除原有水工、河港、土工三个研究室外，决定成立材料结构研究室。 1957年5月，经水利部批准，成立了“钱塘江河口研究站，由南京水利科学研究所和浙江省水利厅共同领导”。 1958年2月28日，国务院农七齐字23号文，同意成立“钱塘江河口研究委员会”，明确研究工作交由南京水利科学研究所负责。委员会主任为严恺。 1958由交通部组织“天津新港回淤研究领导小组”，由南科所严恺任组长，负责该港回淤研究的技术领导工作。 1958年成立技术室。 1958年水利部与电力工业部合并为水利电力部，南科所改由水利电力部和交通部共同领导。 1962年3月30日，水电部（62）水电技字第45号文决定，钱塘江河口研究站自1962年起由浙江水电厅单独领导，南京水利科学研究所在技术上进行指导和协助。 1962年成立学术秘书室。 1966年4月10日 由南科所负责筹建的水电部、交通部西南水利水运科学研究所在宜宾成立，抽调孙敏、须清华、王谷谦等为筹备组成员的职工60人前往工作。王谷谦、须清华担任该所技术部门的负责人。 之前，1964年冬严恺率领王谷谦、邵文健，于永林书记率领王谷谦、须清华，前往内地为该所选址，1965年2-5月王谷谦、须清华参与了交通部水运规划设计院牵头组织的金沙江近千公里的航道踏勘。1965年7月筹备组成立。之后，1974年5月以原南科所抽调人员为主要技术骨干与天津港务局新港回淤研究站合并建立了交通部天津水运工程科学研究所，即现在的交通部天津水运工程科学研究院。留在西南的水利电力部，交通部西南水利水运工程科学研究所，即现在的重庆交通大学内的西南水运工程科学研究所，现有职工约60人、试验场30000 平米、试验厅12000平米，据称是西南地区规模最大的水利水运科研机构。 援建西南所以内河航道组和船闸组抽调人员最多，以卢汉才、郑楚佩最年长。1955年内河航道组有科技人员有12人，1956年援建北科院后，仅留4人；经过几年发展，到1965年又增加到16人；1966年又抽掉了卢汉才、刘建民、王谷谦、唐存本、张定邦等10人，留南科所6人；“文革”中因工作需要又增加到13人。可以说是这一时期南科所骨干调动、干部培养情况的缩影。 1966年，即文化大革命前，组织机构包括：党总支领导下的所长负责制。党总支下设有政治处（包括人保科等）。所长下设所长办公室（包括秘书科、财务科、行管科），并直接领导水工、河港、土工、材料结构四个研究室以及学术秘书室、技术室、供应科、基建科和仪器工厂等行政技术管理部门和业务辅助部门。此外，还设有所务委员会和学术委员会。 1966—1976年，原有组织机构特别是行政管理部门被打乱。1968年成立了南京水利科学研究所革命委员会，下设政工组、生产组和后勤组。 1979年2月，水利电力部又分为水利部和电力工业部两个部，南科所仍由水利部和交通部共同领导。 1979年6月，水利部发布《关于明确南京水科院改为地师级单位的通知》（（79）水劳字第17号）明确我院为地师级单位。 1982年2月，水利部与电力工业部再行合并为水利电力部，南科所又恢复了水利电力部和交通部共同领导。 1979—1983年实行党组织领导下的所长负责制。党委会下设政治处（包括人事科、组织宣教科、保卫科），并设若干个党支部。所长下设办公室（包括秘书科、财务科、总务科、房产管理科），并直接领导水工、河港、土工、材料结构四个研究室以及业务处、技术情报室、器材科、基建科和工厂等行政技术管理部门和业务辅助部门。 1980年恢复了所、室两级学术委员会的活动。此外，为适应科研工作需要，根据上级指示精神，成立了所的学位评定委员会和技术职称评定委员会等。 | 